شيخ بزرگوار در چنين هنگام تصميم گرفت كه بغداد را ترك گويد و براى دانشمندان و فضلاء و طلاب شيعه در يك نقطه دور از غوغا و نزاع مركز علمى تأسيس كند و قلوب عموم دانشمندان شيعه را بدانجا متوجه سازد و براى اين تصميم بهترين مركز كنار قبر مولى‏اموالى على (عليه السلام) را تشخيص داد و در همان سال بغداد را بعزم اقامت در نجف ترك گفت.
شيخ و گروهى از شاگردانش وارد اين سرزمين مقدس گرديد چيزى نگذشت كه از تمام نقاط شيعه‏نشين گروهى متوجه آنجا شدند و شيخ براى تحكيم اساس حوزه و استفاده از معارف و علوم، بسيار زحمت كشيد و در مدت كوتاهى حوزه علميه نجف بصورت دانشگاهى بزرگ در آمد كه در آنجا علوم مختلف اسلامى تدريس ميشد و در هر عصرى صدها مجتهد و مفسر و محدث و مورخ و نويسنده و گوينده تحويل جامعه اسلامى داده ميشد كه هر كدام از آنها در آسمان علم و ادب آفتابى درخشان و ستاره‏اى فروزان بودند.
اين مركز اسلامى رد تمام قرون اسلامى عظمت فوق‏العاده‏اى داشت و اكنونكه 943 سال از بدو تأسيس آن ميگذرد هنوز عظمت خود را بيشتر جلوه ميدهد و در عصر حاضر توانسته است خود را بعنوان يك پايگاه بزرگ علمى جهان معرفى كند.
شيخ پس از يازده سال كوشش شبانه روزى بسال 459 در ماه شعبان در 75 سالگى زندگى را بدرود گفت و در خانه خود مدفون و قبرش در حال حاضر در ميان مسجديكه معروف به مسجد طوسى است واقع شده و قبر سيد بحرالعلوم و پسرش سيد محمد رضا بحرالعلوم نيز در طرف راست همان مسجد است نگارنده بدوران تحصيلات خود در آن مركز علمى و در كليه اسفار زيارتى خود به زيارت قبر اين رادمرد علم و عمل ميرفته و اكثر اهل علم و فضلاى حوزه نجف به قبر شيخ بچشم عظمت مينگرند و از زيارت قبر او لذت برده و درس شهامت و همت و صدها درس اخلاقى بخاطر مى‏آورند.